Часть первая НК РФ вступила в силу с 1 января 1999 г. Эта часть кодекса устанавливает систему налогов и сборов, а так же общие принципы налогообложения и уплаты сборов в Российской Федерации, в том числе: виды налогов и сборов, взимаемых в Российской Федерации; основания возникновения (изменения, прекращения) и порядок исполнения обязанностей по уплате налогов и сборов; принципы установления, введения в действие и прекращения действия ранее введенных налогов субъектов федерации и местных налогов; права и обязанности налогоплательщиков, налоговых органов, налоговых агентов, других участников отношений, регулируемых законодательством о налогах и сборах; формы и методы налогового контроля; ответственность за совершение налоговых правонарушений; порядок обжалования актов налоговых органов и действий (бездействия) их должностных лиц.

Часть вторая НК РФ вступила в силу с 1 января 2001 г. Эта часть устанавливает конкретные взимаемые налоги и сборы, а так же ряд специальных налоговых режимов. Для каждого налога часть вторая НК РФ определяет элементы налогообложения (объект налогообложения, налоговую базу, налоговый период, налоговую ставку, порядок исчисления налога, порядок и сроки уплаты налога), в необходимых случаях налоговые льготы и основания для их использования налогоплательщиком, порядок декларирования налога. Для каждого сбора - плательщиков и элементы обложения применительно к конкретным сборам. Для каждого специального налогового режима - условия и порядок его применения, особый порядок определения элементов налогообложения, а также возможность освобождения от обязанности по уплате отдельных налогов и сборов, предусмотренных частью первой Налогового Кодекса, порядок декларирования налога, уплачиваемого в связи с применением специального налогового режима.

В настоящее время частью второй НК Российской Федерации установлены следующие федеральные налоги и сборы: НДС, акцизы, НДФЛ (введены с 01.01.2001 г.), налог на прибыль, НДПИ (введены с 01.01.2002 г.), сборы за пользование объектами животного мира и за пользование объектами водных биологических ресурсов (введены с 01.01.2004 г.), государственная пошлина, вводный налог (введены с 01.01.2005 г.).

Так же положениями кодекса установлены региональные налоги - транспортный налог (введен с 01.01.2013 г.), налог на игорный бизнес, налог на имущество организаций (введены с 01.01.2004 г.), и один местный налог - земельный налог (введен с 01.01.2005 г.).

Частью второй НК РФ предусмотрена возможность применения налогоплательщиками наряду с общей системой налогообложения следующих специальных налоговых режимов: системы налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей (ЕСХН) (введена с 01.01.2002 г.), УСН, системы налогообложения в виде ЕНВД для отдельных видов деятельности (введены с 01.01.2003 г.), системы налогообложения при выполнении СРП (введена с июня 2003 г.) и ПСН (введена с 01.01.2013 г.).