Полимеразная цепная реакция

Клонирование вируса Norwalk и определение последовательности его генома стимулировало развитие генодиагностики калицивирусной инфекции. Были разработаны методики на основе молекулярной гибридизации, которые, однако, не получили широкого распространения в связи с внедрением более чувствительного метода - обратной транскрипции - полимеразной цепной реакции. С момента разработки первых ОТ-ПЦР-анализов для детекции вируса Norwalk эта методология стала одним из основных средств диагностики калицивирусной инфекции человека.

Предложено множество диагностических праймеров для выявления РНК норовирусов. Большинство из них фланкируют участки гена, кодирующего полимеразу, который характеризуется меньшей вариабельностью по сравнению с другими регионами генома. Относительный консерватизм региона полимеразы позволяет сконструировать праймеры для амплификации большинства калицивирусов человека. Праймеры, разработанные на основе других участков генома, используются для дифференциации норовирусов I и II геногрупп и саповирусов.

Для повышения чувствительности обнаружения норовирусов в 10 - 1 000 раз используют "гнездовую" или "полугнездовую" ПЦР. Однако главный недостаток этого подхода - увеличение возможности перекрестной контаминации образцов. Избежать этого недостатка позволяет постановка ПЦР с детекцией в режиме реального времени. Разработаны методики "реал-тайм"-ПЦР для выявления норовирусов I и II геногрупп.