На сайте https://reestr.digital.gov.ru/ размещены актуальные Методические рекомендации по подаче заявления.
"Порядок подачи заявления для включения сведений о программном обеспечении в единый реестр российских программ для электронных вычислительных машин и баз данных" (утв. Минкомсвязи России)

КонсультантПлюс: примечание.

Нумерация разделов дана в соответствии с официальным текстом документа.

III. Усиленная квалифицированная электронная подпись

Заявление на внесение сведений о ПО в Реестр подписывается усиленной квалифицированной электронной подписью правообладателя. Для этого у заявителя должно быть установлено на компьютере специализированное программное обеспечение для подписания документов в формате pdf. После заполнения всех электронных форм на официальном сайте оператора Реестра необходимо скачать автоматически сгенерированное заявление и подписать его с использованием усиленной квалифицированной электронной подписи в установленном специализированном программном обеспечении.

Если правообладателем является физическое лицо, то его личной усиленной квалифицированной электронной подписью. Если правообладатель является юридическое лицо, то усиленной квалифицированной электронной подписью организации в лице ее руководителя или уполномоченного лица (на основании доверенности). Получить усиленную квалифицированную электронную подпись можно в аккредитованном удостоверяющем центре. Список центров приведен по ссылке http://e-trust.gosuslugi.ru/CA

III. Учетная запись в ЕСИА IV. Сведения, документы и материалы, необходимые для подачи заявления