2.3.1. Отщепление гликанов

Выбор метода отщепления гликанов зависит от природы гликопротеина. Выбор реактива, применяемого для отщепления, зависит от выбора типа отщепления и от объема той информации, которая должна быть получена в результате испытания: может применяться ферментативное или химическое отщепление. В таблице 2.1.2.56.-1 представлен неполный перечень реактивов ферментативного отщепления и их субстратная специфичность.

Таблица 2.1.2.56.-1. - Перечень реактивов ферментативного отщепления и их субстратная специфичность

Реактивы	Специфичность
Отщепление N-связанных гликанов
Пептид-N⁴-(N-ацетил--глюкозаминил)аспарагинамидаза (КФ <*> 3.5.1.52)	Гидролиз N⁴-(ацетил--D-глюкозаминил)аспарагиновых остатков, в которых остаток глюкозамина может быть далее гликозилирован, с получением (замещенного) N-ацетил--D-глюкозаминиламина и пептида, содержащего остаток аспартата
- Пептид-N-гликозидаза F (PNGase F)	Отщепляет цепь у N-связанного гликана, но не отщепляет цепь N-связанного гликана, в которой присутствует ядро фукозы, связанное по положению
- Пептид-N-гликозидаза A (PNGase A)	Отщепляет цепь у N-связанного гликана, в которой присутствует ядро фукозы, связанное по положению
Маннозил-гликопротеинэндо--N-ацетилглюкозаминидаза (КФ <*> 3.2.1.96)	Эндогидролизует блок N, N'-диацетилхитобиозил в гликопептидах и (или) гликопротеинах с высоким содержанием маннозы, содержащих [Man(GlcNAc)₂]Asn
- Эндо--N-ацетилглюкозаминидаза F (эндо F)	Отщепление гибридных и комплексных олигосахаридов с высоким содержанием маннозы
- Эндо--N-ацетилглюкозаминидаза H (эндо H)	Отщепление гибридных олигосахаридов с высоким содержанием маннозы
Отщепление O-связанных гликанов
Гликопептид -N-ацетилгалактозаминидаза (КФ <> 3.2.1.97) <*>	Гидролизует терминальные участки D-галактозил-N-ацетил--D-галактозамина

--------------------------------

<*> Код фермента в соответствии с классификацией Международного союза по биохимии и молекулярной биологии (IUBMB).

<**> Данный фермент используется редко из-за своей высокой специфичности к субстрату.

Обычно эффективность расщепления зависит от доступности гликанов в гликопротеине. Следовательно, для увеличения доступности мест гликозилирования белок может быть денатурирован, за исключением случаев, когда необходимо профилировать гликаны по их положению в структуре молекулы (на поверхности или погружены в структуру молекулы протеина).

Для отщепления гликанов могут быть использованы химические реактивы, например, для отщепления по типу 00000364.wmz используют гидразин или борогидриды щелочных металлов.

2.3. Анализ отщепленных гликанов 2.3.2. Анализ гликанов