II. Общие положения

2.1. Пандемия новой коронавирусной инфекции (COVID-19) в течение 2021 года сопровождалась сменой двух геновариантов.

В первой половине 2021 года по миру активно распространился геновариант "Дельта", к концу 2021 года началось распространение геноварианта "Омикрон".

Для проведения молекулярно-генетического мониторинга циркулирующих геновариантов SARS-CoV-2 и выявления новых геновариантов, обозначенных Всемирной организацией здравоохранения как VOCs (англ. Variants of Concern) и VOIs (англ. Variants of Interest), используется метод полногеномного секвенирования, а также секвенирование фрагментов генов с применением метода Сэнгера.

Для определения геновариантов "Омикрон" и "Дельта" SARS-CoV-2 разработана лабораторная методика в формате ПЦР-РВ, в основе которой - детекция четырех мутаций S-белка линии B.1.1.529: delHV69-70, N501Y, delVYY143-145, Ins214EPE - и двух мутаций линии B.1.617.2: L452R и Р681 R.

Методика представляет собой проведение полимеразной цепной реакции (далее - ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов амплификации при помощи конформационно-блокированных зондов в режиме реального времени. Регистрация накопления специфического продукта амплификации происходит за счет измерения интенсивности флуоресцентного сигнала.

Детекция флуоресцентного сигнала при постановке ПЦР-РВ происходит непосредственно в ходе ПЦР при помощи программного обеспечения амплификатора с наличием не менее двух оптических каналов.

Лабораторная методика позволяет увеличивать долю определенных геновариантов в образцах с выявленным SARS-CoV-2, непригодных для секвенирования, за счет использования технологии ПЦР-РВ. С целью уменьшения времени и увеличения количества исследований, методика может быть модифицирована до 4 реакций для определения мутаций L452R, delHV69-70, Ins214EPE и N501Y. В связи с выявлением сублинии "Омикрон" BA.2, не содержащей мутации delHV69-70, delVYY143-145 и Ins214EPE, определение мутации N501Y проводится во всех исследованиях.

Применение методики позволяет оперативно получить результат с принадлежностью вируса к линии "Дельта" или "Омикрон", а также предположить появление нового геноварианта, что является, в совокупности с секвенированием выборочных проб, элементом мониторинга, осуществляемого в рамках эпидемиологического надзора за новой коронавирусной инфекцией (COVID-19).