III. Описание метода

3.1. Принцип метода. ПЦР позволяет экспоненциально увеличивать количество копий фрагмента исходной ДНК для решения различных задач, в том числе для этиологической диагностики инфекционных болезней. ПЦР является прямым методом диагностики, обнаруживающим специфичные для возбудителя инфекции участки генома. Метод ПЦР обладает высокой аналитической чувствительностью и специфичностью.

Цикличность ПЦР достигается путем многократного (от 40 до 45 раз) последовательного повторения шагов инкубации реакционной смеси при температурах: плюс 90 - 95 °C (денатурация ДНК/кДНК), плюс 50 - 65 °C (отжиг праймеров), плюс 60 - 72 °C (элонгация цепи ДНК).

Выбор, отбор, хранение и использование биологического материала осуществляются в соответствии с санитарно-эпидемиологическими требованиями <1> и методическими документами <2>.

--------------------------------

<1> Глава IV СанПиН 3.3686-21 "Санитарно-эпидемиологические требования по профилактике инфекционных болезней", утвержденных постановлением Главного государственного санитарного врача Российской Федерации от 28.01.2021 N 4 (зарегистрировано Минюстом России 15.02.2021, регистрационный N 62500), с изменениями, внесенными постановлениями Главного государственного санитарного врача Российской Федерации от 11.02.2022 N 5 (зарегистрировано Минюстом России 01.03.2022, регистрационный N 67587); от 25.05.2022 N 16 (зарегистрировано Минюстом России 21.06.2022, регистрационный N 68934) (далее - СанПиН 3.3686-21); главы II, III СП 3.1.3597-20 "Профилактика новой коронавирусной инфекции (COVID-19)", утвержденных постановлением Главного государственного санитарного врача Российской Федерации от 22.05.2020 N 15 (зарегистрировано Минюстом России 26.05.2020, регистрационный N 58465). с изменениями, внесенными постановлениями Главного государственного санитарного врача Российской Федерации от 13.11.2020 N 35 (зарегистрировано Минюстом России 16.11.2020 N 60909); от 11.10.2021 N 25 (зарегистрировано Минюстом России 14.10.2021, регистрационный N 65406); от 09.11.2021 N 29 (зарегистрировано Минюстом России 12.11.2021, регистрационный N 65801); от 04.12.2021 N 33 (зарегистрировано Минюстом России 06.12.2021, регистрационный N 66208); от 21.01.2021 N 2 (зарегистрировано Минюстом России 25.01.2022, регистрационный N 66988); от 28.01.2022 N 3 (зарегистрировано Минюстом России 22.02.2022, регистрационный N 67407); от 04.02.2022 N 4 (зарегистрировано Минюстом России 04.02.2022, регистрационный N 67165); от 20.06.2022 N 18 (зарегистрировано Минюстом России 01.07.2022, регистрационный N 69091).

<2> МР 3.1.0272-22 "Молекулярно-генетический мониторинг штаммов возбудителя новой коронавирусной инфекции", утвержденные Руководителем Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Главным государственным санитарным врачом Российской Федерации 10.01.2022.

При работе с данной методикой используется биологический материал, с подтвержденным наличием РНК вируса SARS-CoV-2 (мазки из носоглотки и ротоглотки) качественным или количественным исследованием.

Организация работы лабораторий осуществляется в соответствии с санитарно-эпидемиологическими требованиями <3> и методическими документами <4>.

--------------------------------

<3> Глава IV СанПиН 3.3686-21.

<4> МУ 1.3.2569-09 "Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I - IV групп патогенности", утвержденные Руководителем Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, Главным государственным санитарным врачом Российской Федерации 22.12 2009 (далее - МУ 1.3.2569-09).

Исследование методом ПЦР состоит из следующих этапов:

- экстракция нуклеиновых кислот (далее - НК) из образцов исследуемого биологического материала (экстракция НК может проводиться различными способами, включая автоматизированные);

- получение кДНК в реакции ОТ, которая проводится отдельным этапом, позволяющим сделать постановку большого количества исследований методом ПЦР, кДНК стабильнее, чем РНК, и может храниться без замораживания при температуре от плюс 2 до плюс 8 °C в течение недели <5>, более длительно - при температуре от минус 24 до минус 16 °C в течение 6 месяцев или при температуре не выше минус 68 °C в течение года. Допускается однократное повторное замораживание кДНК;

--------------------------------

<5> Примечание. При условии проведения реакции ОТ в пробирках, имеющих маркировку "Не содержащий РНК" (англ. "RNase-free"), "Не содержащий ДНК" (англ. "DNase-free") или подвергшихся автоклавированию.

- амплификация кДНК при помощи специфичных к выбранным мутациям праймеров в присутствии флуоресцентно-меченных зондов, специфичных для определяемых мутаций SARS-CoV-2;

- анализ и интерпретация результатов.

Для получения более точных результатов рекомендуется использование положительных (подтвержденных секвенированием образцов, содержащих соответствующую мутацию (при наличии)) и отрицательных (TE-буфер) контрольных реакций.

ПЦР-исследования проводятся в организациях, имеющих лицензию на деятельность <6>, связанную с обнаружением возбудителей инфекционных заболеваний человека, в лабораториях, имеющих санитарно-эпидемиологическое заключение, выданное в установленном порядке <7>.

--------------------------------

<6> Постановление Правительства Российской Федерации от 01.06.2021 N 852 "О лицензировании медицинской деятельности (за исключением указанной деятельности, осуществляемой медицинскими организациями и другими организациями, входящими в частную систему здравоохранения, на территории инновационного центра "Сколково") и признании утратившими силу некоторых актов Правительства Российской Федерации".

<7> Пункт 135, 136 СанПиН 3.3686-21.

По результатам анализа выдается заключение о наличии в пробе геновариантспецифических мутаций S-гена SARS-CoV-2.

3.2. Показания к применению метода. Лабораторная методика определения геноварианта SARS-CoV-2 "Омикрон" методом ПЦР-РВ позволяет проводить эпидемиологические исследования циркулирующих геновариантов, выявлять и дифференцировать геноварианты "Дельта" (B.1.617.2, VOC-вариант) и "Омикрон" (B.1.1.529, BA^(*) <8>, VOC-вариант) при проведении молекулярно-генетического мониторинга с целью идентификации и типирования вируса.

--------------------------------

<8> Примечание: * - все сублинии.