7. Исключение из состава расходов налогоплательщика затрат, связанных с деятельностью, доходы от осуществления которой были им обоснованно учтены при исчислении налога на прибыль привело к нарушению заложенного в главе 25 Налогового кодекса Российской Федерации принципа соотносимости доходов и расходов и связь последних именно с деятельностью организации по извлечению прибыли и к нарушению закрепленного в статье 3 Налогового кодекса принципа экономического основания налога

В решении налоговый орган пришел к выводу о неправомерном включении обществом в состав расходов при исчислении налоговой базы по налогу на прибыль организаций за 2015 - 2017 годы сумм исчисленной амортизации по морским судам за период их регистрации и нахождения в Российском международном реестре судов (РМРС).

Суды трех инстанций, руководствуясь положениями подпункта 33 пункта 1 статьи 251, статьи 252, статьи 253, пункта 1 и абзаца 5 пункта 3 статьи 256 Налогового кодекса Российской Федерации (в редакции, действовавшей до 31.12.2018), поддержали выводы инспекции о том, что морские суда, зарегистрированные в РМРС, не являются амортизируемым имуществом на период нахождения их в РМРС вне зависимости от целей их использования, а также пункта отправления и пункта назначения. Амортизация за период нахождения судов в РМРС не начисляется и, соответственно, не формирует расходы организации в целях главы 25 Кодекса.

Обращаясь с жалобой в Верховный Суд Российской Федерации, общество указывало, что, включая в состав расходов суммы амортизации, оно исходило из того, что по морским судам, зарегистрированным в РМРС и осуществляющим каботажные перевозки (перевозки и буксировка в сообщении между морскими портами Российской Федерации), для расчета налога учитываются все доходы от эксплуатации, соответственно, необходимо учитывать и расходы, иное не соответствует экономическому обоснованию налога на прибыль организаций, поскольку такой подход влечет взимание налога с выручки, а не с прибыли. Свою позицию налогоплательщик основывал на положениях пункта 3 статьи 256 Налогового кодекса Российской Федерации (в редакции, действовавшей в проверяемом периоде), которые следует толковать в системной связи с нормами подпункта 33 пункта 1 статьи 251, пункта 48.5 статьи 270 Кодекса.

По мнению общества, норма абзаца 5 пункта 3 статьи 256 Налогового кодекса Российской Федерации об исключении из состава амортизируемого имущества судов, зарегистрированных в РМРС, распространяется только на суда, используемые для международных перевозок. Кроме того, налогоплательщик полагал, что существовавшее до 01.01.2019 правовое регулирование следует толковать и применять с учетом последующих изменений в Кодекса. Федеральным законом от 04.06.2018 N 137-ФЗ "О внесении изменений в статьи 256 и 270 части второй Налогового кодекса Российской Федерации", вступившим в действие с 01.01.2019, абзац пятый пункта 3 статьи 256 Налогового кодекса Российской Федерации признан утратившим силу.

Судебная коллегия по экономическим спорам Верховного Суда Российской Федерации отменила состоявшиеся по делу судебные акты и признала решение налогового органа недействительным исходя из следующего.

В соответствии с подпунктом 33 пункта 1 статьи 251 Налогового кодекса Российской Федерации освобождение от налогообложения налогом на прибыль организаций распространяется только на доходы, полученные от международных перевозок судами, зарегистрированными в РМРС, и не распространяется на доходы от иных видов деятельности, в том числе осуществляемых такими судами каботажных перевозок, то есть перевозок в сообщении между морскими портами Российской Федерации.

Основываясь на указанных положениях статьи 251 Налогового кодекса Российской Федерации, общество полностью учло в налоговой базе при исчислении налога на прибыль доходы от каботажных перевозок (внутрироссийских).

Законодатель последовательно различает порядок учета доходов и расходов, связанных с эксплуатацией судов, зарегистрированных в РМРС, в зависимости от целей и вида такой эксплуатации. Исключив при налогообложении из состава доходов хозяйственные операции, связанные с перевозками, в которых пункт отправления и (или) пункт назначения находятся за пределами территории Российской Федерации (статья 251 Кодекса), одновременно был установлен порядок учета расходов, при котором и затраты на содержание, эксплуатацию такого имущества в случае совершения указанных операций также не учитываются в составе расходов при исчислении налога на прибыль. Данный вывод соответствует правовому регулированию как в прежней (до 01.01.2019), так и в действующей редакции статей 251, 256, 270 Налогового кодекса Российской Федерации.

Во всех иных случаях для учета доходов и расходов, относящихся к использованию в каботажных перевозках судов, зарегистрированных в РМРС, применяется общий порядок исчисления налога, установленный соответствующими положениями Кодекса.

В результате принятия Федерального закона N 137-ФЗ произошло не изменение правового регулирования, а его уточнение, призванное изменить правоприменительный подход контролирующих (фискальных) органов и устранить неравноправное положение определенной категории налогоплательщиков, сложившееся ввиду ошибочного толкования положений действующего налогового законодательства.

Данные выводы содержатся в Определении Судебной коллегии по экономическим спорам Верховного Суда Российской Федерации от 07.10.2022 N 305-ЭС22-11287 по делу N А40-82898/2021 (Ответственный участник консолидированной группы налогоплательщиков ПАО "Газпром нефть" против Межрегиональной ИФНС России по крупнейшим налогоплательщикам N 2).