II. Общие положения

2.1. Возбудителем коронавирусной инфекции является вирус SARS-Cov-2, который с момента выявления в декабре 2019 г. накапливал изменения в структуре генома. Изменчивость вируса привела к возникновению линий, обозначенных Всемирной организацией здравоохранения (ВОЗ) как VOC (англ. Variants of Concern) и VOI (англ. Variants of Interest) <1>. В настоящее время широкое распространение получил вариант "Омикрон" (англ. Omicron (B.1.1.529)), впервые обнаруженный в ноябре 2021 г. в Южной Африке, а в декабре был идентифицирован в более 80 странах.

--------------------------------

<1> Официальный сайт Всемирной организации здравоохранения, информация об отслеживании вариантов вируса SARS-CoV-2: www.who.int/ru/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/tracking-SARS-CoV-2-variants (в свободном доступе).

Особенностью варианта "Омикрон" (B.1.1.529) является большое количество мутаций в S-белке (около 30 SNP, 3 делеции, 1 вставка) по сравнению с предыдущими геновариантами, что и обеспечило его конкурентное преимущество и вытеснение ранее циркулирующего варианта "Дельта". Внутри линии "Омикрон" выделяется несколько сублиний, при этом BA.1 и BA.2 - доминирующие. Выявляются достоверные различия в геномной структуре сублиний BA.1 и BA.2 [11].

2.2. Для молекулярно-генетического мониторинга циркулирующих штаммов SARS-CoV-2 и выявления новых вариантов используются методы фрагментного и полногеномного секвенирования. В дополнение к секвенированию применение разработанной методики дает возможность оперативного реагирования в условиях неблагоприятной эпидемиологической ситуации.