Можно ли за совмещение по должности начальника платить меньше, чем за допработу по должностям рядовых специалистов?

Да, поскольку размер доплаты определяют по соглашению сторон, он не установлен законом.

Как оформить совмещение на период ежегодного отпуска работника, подскажет готовое решение.