Должна ли московская компания давать дистанционщикам отдыхать в их региональные праздники?

Да, если в регионе, где удаленщик работает, праздник установили нормативным актом. Выходной в этом случае достаточно отразить в табеле.

Отметим, подобный ответ Роструд уже давал.