НДФЛ нужно начислить, так как организация оплачивает проживание и проезд в интересах работников. Это их натуральный доход. В перечне исключений таких сумм нет.
Взносы следует заплатить, поскольку это выплаты в рамках трудовых отношений. В список необлагаемых сумм они не входят.
Затраты на аренду жилья можно учесть при расчете налога на прибыль, если они являются формой оплаты труда и условие о них есть в трудовом договоре. По сути, в таком случае это зарплата в натуральной форме. В письме Минфин высказался только об оплате жилья. Об оплате проезда ведомство высказывало похожее мнение совсем недавно.
Если оплату жилья и проезда оформить как социальную выплату, то можно сэкономить на взносах. Ведь суды считают, что с подобных выплат взносы не платят. Подход, скорее всего, приведет к спору с налоговиками.
Кроме того, имейте в виду, что, руководствуясь таким подходом, с оплаты жилья нужно будет исчислить НДФЛ. Ведь доказать отсутствие интереса работника в оплате жилья будет проблематично.
В расходы по налогу на прибыль социальную выплату включить также нельзя. Это ранее подтверждал Минфин.