Если покупатель вернул некачественный товар, то продавец должен выставить корректировочный счет-фактуру. По нему последний принимает НДС к вычету.
Есть и другой способ, как следует из письма налоговиков. Когда возврат оформлен обратным выкупом и покупатель является плательщиком НДС, последний вправе выставить счет-фактуру продавцу. А тот принимает налог к вычету по данному документу.
Минфин похожее разъяснение уже давал.