Если предприниматель работает в компании по трудовому договору, страховые взносы будут поступать в бюджет дважды: от работодателя и от самого ИП. Организация уплачивает взносы с выплат работнику, а ИП перечисляет взносы за себя с дохода от предпринимательской деятельности. В этой ситуации два разных плательщика взносов.
Таким образом, даже если ваш сотрудник занимается предпринимательством, с его зарплаты все равно вам придется платить взносы.
Минфин приходит к такому выводу не в первый раз.