Наказать за прогул можно, если работника не было в месте выполнения служебного задания. Подтвердить это помогут акт об отсутствии на рабочем месте и докладная записка. Их вправе составить непосредственный начальник на основании документов, полученных от принимающей стороны.
О чем еще нужно помнить при увольнении командированного сотрудника, читайте в готовом решении.