Обособленное подразделение, которое заключило с физлицом гражданско-правовой договор (ГПД), является налоговым агентом по НДФЛ. В связи с этим налог перечисляется в бюджет по месту нахождения такого подразделения. Минфин и ранее давал аналогичные разъяснения.