ВАС РФ настаивал, что в данной ситуации налог не включается в расчетную стоимость, поскольку представляет собой денежные средства, которые нужно перечислить в бюджет для исполнения публично-правовой обязанности. Ранее Минфин соглашался с таким подходом, ФНС направляла эти разъяснения ведомства. Однако впоследствии оно изменило мнение и указало: в НК РФ не предусмотрено оснований не включать ранее исчисленный НДПИ в расходы. Значит, при определении расчетной стоимости полезного ископаемого налог учитываться должен. В данном разъяснении Минфин ссылался на позицию КС РФ, которая отличается от позиции ВАС РФ
Как отмечал КС РФ, расчетная стоимость формируется с учетом всех затрат, относящихся к недропользованию. Уплата НДПИ является таким же экономически необходимым расходом, как и прочие затраты, в число которых входят иные налоги. Однако суд уточнил: решить, включается ли налог в расчетную стоимость, должен законодатель или арбитражный суд.
Поскольку нет устоявшейся позиции по вопросу, учитываются ли суммы НДПИ в расходах при использовании расчетного метода определения стоимости полезного ископаемого, налогоплательщику безопаснее обратиться за разъяснениями в свою инспекцию.