Если организация осуществляет безналичные расчеты с самозанятым, ее обязанность применять ККТ зависит от того, зарегистрирован ли плательщик НПД как индивидуальный предприниматель:
Этот вывод ФНС следует из положений Закона о ККТ. По ним не нужно применять кассу при расчетах между организациями или ИП с использованием электронного средства платежа без его предъявления.
Полагаем, в разъяснении речь идет о ситуации, когда самозанятый приобретает у организации товары, работы или услуги. Если продавцом или исполнителем выступает плательщик НПД, вопрос применения ККТ не возникает: приложение "Мой налог" автоматически формирует чек, который нужен организации для учета расходов.