Физлицу по его заявлению налоговый агент обязан выдать справку о полученных доходах и удержанных суммах НДФЛ. Как разъяснила ФНС, в НК РФ не установлен способ выдачи. Значит, налоговый агент вправе самостоятельно определить его. Главное, чтобы способ не противоречил законодательству.
Полагаем, что в случае трудовых отношений лучше закрепить выбор в локальных актах. Если же налоговый агент выплачивает доход физлицу в рамках ГПД, то в этот же договор можно включить способ выдачи справок.