По мнению организации, поскольку в уточненной декларации сумма НДС к возмещению не уменьшена, компенсировать потери бюджета от излишней выплаты не нужно, а значит, проценты не начисляются.
Минфин придерживается противоположной позиции, однако суды (в частности, ФАС Поволжского и Уральского округов) принимают сторону компаний. Данное дело налогоплательщик выиграл в первой и апелляционной инстанциях, однако кассация отменила эти акты. Вместе с тем она указала: если по результатам камеральной проверки уточненной декларации подтвердится, что у организации есть право на возмещение НДС в заявленном размере, взысканные проценты нужно возвратить.