Если организация продолжает работать, то при расчете налога на прибыль расходы учитывают как обычно. Неважно, работают сотрудники удаленно или нет.
Если же организация объявила простой, то затраты учитывают во внереализационных расходах. Выплаты работникам, которые не трудятся, признают только, если такие платежи есть в законе. Например, это зарплата за "президентские" выходные. Минфин уже разъяснял, что такую зарплату можно учесть.