В обоснование своей позиции ведомство сослалось на Постановление КС РФ от 03.06.2014 N 17-П и Постановление Президиума ВАС РФ от 30.01.2007 N 10627/06, указав, что в п. 5 ст. 173 НК РФ установлены правила, которые предусматривают в отношении лиц, получающих с покупателей или заказчиков суммы НДС в нарушение положений гл. 21 НК РФ, следующие налоговые последствия. Лица, не являющиеся налогоплательщиками, равно как налогоплательщики, освобожденные от исполнения обязанностей по исчислению и уплате налога или реализующие товары (работы, услуги), операции с которыми не подлежат налогообложению, исчисляют и уплачивают НДС, если выставляют покупателям счета-фактуры с выделением суммы налога. Покупатели-налогоплательщики вправе отразить эти суммы в декларациях в качестве налоговых вычетов.
Несмотря на то что разъяснение ФНС России о вычете касается услуг по обслуживанию воздушных судов, которые оказаны в аэропортах и воздушном пространстве РФ, полагаем, вывод налогового ведомства распространяется и на иные операции, освобожденные от НДС в силу ст. 149 НК РФ.
Аналогичный подход к применению вычета по операциям, названным в данной статье, прослеживается в актах большинства судов. Однако некоторые суды и Минфин России придерживаются противоположной позиции. При этом финансовое ведомство руководствуется, в частности, следующим. Счета-фактуры, которые выставлены по работам, освобожденным от налогообложения, но содержат указание сумм НДС, следует считать составленными с нарушением действующего порядка. Следовательно, на основании таких документов вычет получить нельзя.