Среднесписочную численность работников по юрлицу в целом отражают в отчетности за головную организацию. Если есть обособленные подразделения, которые отчитываются по взносам сами, то в этом поле расчета за 2020 год они ставят "0", а с отчетности за I квартал 2021 года вообще поле не заполняют.
Напомним, теперь сведения о среднесписочной численности нужно подавать не отдельным отчетом, а в составе расчета по взносам. В текущем году сделать это нужно не позднее 1 февраля (с учетом переноса с 30 января).