В счет-фактуру надо внести исправления, если по ошибке в нем указали не ту цену, что в договоре. Это не делают корректировочным счетом-фактурой. Его выставляют, когда стоимость поменяли по согласованию с покупателем. Такое изменение оформляют документами, например допсоглашением к договору.
Минфин давно высказывал такое же мнение.