Обновленная инструкция (версия 1.36) незначительно отличается от предыдущей. Изменения касаются производителей лекарств, медорганизаций и аптек. В документе появились 3 приложения.
В некоторые паспорта процессов добавлены сроки, в которые субъекты обращения лекарств представляют сведения в систему мониторинга. Например, медорганизация должна передать информацию о выдаче препарата для оказания медпомощи в течение 5 рабочих дней с даты выдачи. Такой же срок отведен аптекам и медорганизациям для сообщения об отпуске лекарств по льготному рецепту.
В одном из приложений описаны правила, по которым информация в составе обменных форматов ККТ передается в систему мониторинга для регистрации выбытия лекарства. Этот порядок применяют аптеки при розничной продаже лекарств.