Из разъяснения ФНС следует, что ответственность за филиалы несет головная организация. При этом производство по делу ведут по месту нахождения "обособки".
Служба объяснила вывод так: по НК РФ за налоговые нарушения отвечают юрлица и физлица. Представительства и филиалы ими не являются. Они лишь исполняют обязанности по уплате налогов, сборов, взносов.
Налоговики уже высказывали такое мнение об ответственности за нарушения филиалов.