Налоговики рассмотрели ситуацию, когда сводные счета-фактуры оформляют на основании актов приема-передачи затрат или результатов работ. Они отметили: в стр. 5а указывают реквизиты первичного документа, на основании которого составили сводный счет-фактуру. При этом неважно, сколько "первички" еще приложили.
То есть, в данном случае в стр. 5а нужно отразить реквизиты акта.