отказать в вычете из-за того, что счет-фактура на прослеживаемые товары бумажный, не могут. Ошибки, которые не мешают определить продавца, покупателя, название товара, стоимость, ставку и сумму налога, не основание для отказа;
у подотчетника должна быть доверенность, чтобы получить счет-фактуру с реквизитами прослеживаемости;
если в счете-фактуре или УПД нет регистрационного номера партии товара, надо обратиться к поставщику за правильно оформленным документом. Минфин уже рекомендовал так поступать;
прекращать прослеживаемость не нужно, если прослеживаемый товар включили в набор или комплект. При продаже комплекта в электронном счете-фактуре или УПД надо отразить в подстроках реквизиты прослеживаемости по каждому прослеживаемому товару из набора. Такие разъяснения ФНС уже давала.