Из письма ФНС следует: лучше подать расчет после того, как выдали зарплату за последний месяц отчетного периода. Конечно, при условии, что укладываетесь в срок сдачи отчета.
Зарплату, которую не выплатили на дату сдачи 6-НДФЛ, в нем не отражают (об этом налоговики уже сообщали). Поэтому, если выплату сделать после подачи отчета, его придется уточнять.
Например, если зарплату за декабрь выплатят 14 января, раньше этой даты сдавать 6-НДФЛ не стоит.