НДФЛ не нужно платить только с той части доли, которая была у физлица более 5 лет. Полагаем, это разъяснение можно применить к действительной стоимости доли, которую выплачивают при выходе участника из организации.
Минфин уже давал подобные разъяснения для выхода из ООО. Тогда он уточнял: номинальная стоимость доли не влияет на 5-летний срок.