Порядок заполнения 6-НДФЛ не устанавливает, как обособленным подразделениям указывать номера справок о доходах физлиц. Налоговый агент сам определяет, в каком порядке присваивать уникальные номера.
Напомним, справка о доходах физлиц в составе 6-НДФЛ заменила 2-НДФЛ.