Ограничения годового объема закупок у единственного поставщика (подрядчика, исполнителя) и закупок по запросу котировок действуют для всего бюджетного учреждения вместе с его филиалами. Полагаем, вывод касается и других заказчиков, которые проводят закупки по Закону N 44-ФЗ и имеют филиалы.