На спецрежиме налог платят, если продавец (подрядчик) выставил счет-фактуру и выделил в нем налог. Обязанности по уплате нет, если НДС выделили в первичке и счет-фактуру не выставляли.
ФНС также отметила: наличие или отсутствие суммы НДС в цене контракта или смете не влияет на порядок налогообложения операций.