Если у владельца изъяли транспорт без прекращения права собственности на него (признали его вещдоком и т.п.), то это не основание не исчислять налог.
По НК РФ транспортный налог не платят лишь по транспорту, право собственности на который прекращено из-за его принудительного изъятия по основаниям, предусмотренным законом. Ими могут быть, в частности, обращение взыскания на имущество по обязательствам или конфискация.