Реализация программно-аппаратного комплекса (ПАК) не освобождается от НДС, даже если он есть в реестре отечественного ПО.
НДС не платят с реализации прав на включенные в реестр программы для ЭВМ (базы данных). Поэтому если в цене ПАК отдельно указана программа для ЭВМ (база данных) из реестра, то ее стоимость налогом не облагают.