К такому выводу пришел Арбитражный суд Московского округа, рассмотрев следующую ситуацию. В ходе выездной проверки выявлено, в частности, несоответствие между сведениями в книгах продаж и налоговых декларациях. По требованию инспекции общество направило пояснительную записку с указанием причины расхождений. В ней также было отмечено, что допущенные в учете ошибки касались в том числе операций, с совершением которых связано право на вычет. Инспекция пришла к выводу о занижении базы по НДС.
Суд первой инстанции установил, что после обнаружения ошибок организация внесла изменения в регистры бухгалтерского и налогового учета. Исправленные документы были представлены при выездной проверке, а также вместе с возражениями на акт проверки и в суд. Однако при расчете недоимки по НДС инспекция не учла скорректированные данные о вычетах, поскольку они не были задекларированы. Позиция инспекции основывалась, в частности, на Постановлении Президиума ВАС РФ от 26.04.2011 N 23/11. Суд отметил, что в этом акте рассмотрены иные фактические обстоятельства (при проверке не представлены документы, подтверждающие право на вычет, и не заявлены основанные на них возражения), и позицию инспекции не поддержал.
Суд апелляционной инстанции, руководствуясь в том числе названным актом Президиума ВАС РФ, отменил решение суда первой инстанции. Суд кассационной инстанции принял точку зрения суда первой инстанции и указал, что непредставление уточненных деклараций не освобождает инспекцию от ее обязанностей.
Вывод о том, что при расчете недоимки по НДС следует учесть вычеты, которые подтверждаются документами, представленными вместе с возражениями на акт выездной проверки, содержится в том числе в Постановлении ФАС Северо-Западного округа от 27.09.2011 по делу N А26-285/2011 (Определением ВАС РФ от 08.02.2012 N ВАС-469/12 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ), противоположный - в Постановлении ФАС Северо-Западного округа от 16.07.2012 по делу N А13-2670/2011.