Считаем, ведомство налагает на компании обязанность, не предусмотренную нормативными правовыми актами. ФНС отмечала: отчетность, в которой не указан ИНН, все равно примут. Такой вывод отражен и в разъяснении Минфина. В обоих случаях не уточняется, почему поле не было заполнено.
Во избежание споров с проверяющими, полагаем, следует воспользоваться сервисом "Узнай чужой ИНН" на сайте ФНС и попытаться с его помощью выяснить ИНН работников. Если данные не найдены в базе, желательно сохранить доказательства. Тогда в справке 2-НДФЛ безопасно оставлять поле "ИНН в Российской Федерации" пустым.