По материалам дела на момент, когда организация должна была подтвердить право на освобождение, она не считала, что обязана платить НДС. Значит, компания не могла вовремя подать в инспекцию уведомление об освобождении и подтверждающие документы.
Суды ссылались на мнение ВАС РФ. Он указывал, что НК РФ не предусматривает особых правил освобождения от уплаты НДС для фирм, которые узнали о необходимости перечислить его по результатам налогового контроля. Отсутствие этих правил не означает, что фирмы лишены права применить освобождение.
Также суды приводили другую позицию ВАС РФ, из анализа которой следует вывод: нельзя отказать в праве на освобождение только из-за того, что в установленный срок не представлены уведомление и документы.