Второй раз о применении ускоренной процедуры компания не заявляла. Она полагала: поскольку в уточненной декларации сумма НДС к возмещению не уменьшена, компенсировать потери бюджета от излишней выплаты не нужно, значит, проценты не начисляются. Суд округа с этой точкой зрения не согласился. ВС РФ отменил данное постановление и отметил, что только по итогам проверки налоговый орган может определить, было ли возмещение НДС излишним, и принять решение о взыскании процентов.
Минфин считает, что если в уточненной декларации сумма НДС к возмещению увеличилась или не изменилась, то проценты начисляются на всю сумму налога, которая была возмещена в заявительном порядке.