Счетная палата также контролирует подведомственные главным администраторам бюджетных средств федеральные госучреждения, федеральные государственные унитарные предприятия, госкорпорации и госкомпании, Банк России. Кроме того, к объектам контроля относятся юрлица, получившие субсидии из федерального бюджета в качестве взносов в уставные (складочные) капиталы, и иные организации.