Даже когда доля расходов на облагаемые НДС операции меньше 5%, раздельный учет ведется

Организация должна вести раздельный учет "входного" НДС, если в налоговом периоде доля затрат на покупку, производство и (или) продажу товаров, работ, услуг, имущественных прав, облагаемых налогом, составляет менее 5% от общей величины расходов. Отметим, в НК РФ не указано, что в такой ситуации у налогоплательщика отсутствует обязанность вести раздельный учет.