ФНС привела позицию ВС РФ не полностью, из-за чего могут возникнуть споры. Суды первой и апелляционной инстанций, чьи выводы поддержала Судебная коллегия по экономическим спорам, отметили, что при новации ранее перечисленный с авансов НДС становится излишне уплаченным и возвращается из бюджета в порядке, предусмотренном НК РФ для возврата переплаты. Однако поскольку бюджет не пострадал от того, что налогоплательщик принял эти суммы к вычету, отказ инспекции в вычете был незаконным. Обращаем внимание, что в направленном ФНС обзоре вывод о правомерности вычета в такой ситуации не приводится.
Можно сделать вывод, что ФНС разделяет позицию ВС РФ, согласно которой налогоплательщик вправе вернуть уплаченный с авансов НДС, однако не ясно, разрешено ли ему принять налог к вычету или нужно обратиться с заявлением о возврате переплаты.
Если налогоплательщик все же решит принять такой НДС к вычету, ему необходимо иметь в виду следующее. В мотивировочной части Определения указано, что согласно п. 5 ст. 171 НК РФ вычет НДС, перечисленного в бюджет с авансов, производится при расторжении договора или изменении его условий, если авансы были возвращены. При новации происходит прекращение одного обязательства и возникновение другого, значит, можно предположить, что в данном случае, по мнению ВС РФ, названная норма не применяется. Такой же вывод делает и Минфин.
Следовательно, несмотря на то что ВС РФ признал незаконным привлечение налогоплательщика к ответственности за примененный вычет НДС, во избежание споров лучше уточнить в инспекции, каким образом можно вернуть НДС в этой ситуации: путем принятия налога к вычету или в порядке, предусмотренном для возврата переплаты.