Минфин также обратил внимание, что помимо прямых затрат на оказание медпомощи учреждение несет общехозяйственные (косвенные) расходы. Среди них издержки на ремонт здания поликлиники или стационара, на оплату труда административно-хозяйственного персонала. Перечень подобных расходов учреждение определяет самостоятельно, учитывая состав нормативных затрат на общехозяйственные нужды.
Кроме того, ведомство указало, в рамках какого подраздела нужно предусмотреть бюджетные ассигнования по общехозяйственным расходам, не относящимся к конкретной функции учреждения или его структурного подразделения. Это подраздел, по которому планируется либо наибольший объем бюджетных ассигнований в общем объеме средств на обеспечение деятельности медучреждения, либо наибольший объем бюджетных ассигнований на оплату труда.