Как указало ведомство, НК РФ предусматривает, что восстанавливать ранее принятый к вычету НДС нужно, когда для возмещения затрат на оплату приобретенных товаров, работ или услуг получена субсидия из федерального бюджета. При выделении средств из бюджетов других уровней это положение не применяется.
Аналогичную точку зрения высказывал и ВС РФ. Позиция суда отражена в обзоре судебной практики, который ФНС направляла нижестоящим органам для использования в работе.