Когда для оплаты проезда и проживания организация выдает работнику деньги, она также должна исчислить налог. При этом не важно, отчиталось ли физлицо перед работодателем о том, куда потрачены деньги.
Если юрлицо выдало средства для оплаты проезда к месту обучения, а впоследствии удержало их из дохода сотрудника, облагаемый налогом доход не возникает. Вероятно, это справедливо и для стоимости оплаты проживания в месте обучения.