Заказчик заявляет к вычету НДС, который подрядчик отразил в счете-фактуре. Вычет возможен после принятия строительно-монтажных работ (СМР) на учет и при наличии первичных документов, например акта выполненных работ. Значит, никаких особенностей для заказчика нет, даже если подрядчик для выполнения СМР приобрел работы или услуги, не облагаемые налогом.
Стоимость приобретенных подрядчиком работ и услуг, не облагаемых НДС, нужно учитывать в общей стоимости СМР. А она, в свою очередь, считается налоговой базой по НДС, с которой подрядчик исчисляет налог. Именно такая сумма НДС должна быть указана в счете-фактуре.
Тот факт, что в стоимости СМР подрядчик учитывает стоимость не облагаемых налогом работ и услуг, не влияет на то, как заказчик принимает НДС к вычету. Значит, он вправе принять к вычету всю сумму налога, предъявленную подрядчиком, не опасаясь претензий со стороны инспекции.