Налогоплательщик вправе обжаловать в суд решение налоговой, например, по результатам проверки. Перед этим обязательно надо соблюсти досудебный порядок. Обжаловать решение в вышестоящий орган можно как целиком, так и частично. Если в жалобе не говорится, что оспаривается часть решения, то оно считается обжалованным полностью. При этом необязательно приводить доводы по всем без исключения эпизодам. Подробные аргументы можно представить позже — в суде, и он должен рассмотреть все эпизоды. Даже те, которые в поданной управлению жалобе не фигурировали. Такой подход давно принят в практике.
Подавая жалобу в управление, лучше сразу составить ее так, чтобы было ясно: решение обжаловано целиком. Доводы можно будет потом представить в суд. Важно, что в таком случае могут возникнуть сложности со взысканием с инспекции понесенных судебных расходов. Пленум ВАС РФ указывал: расходы полностью или частично суд может отнести на налогоплательщика независимо от исхода дела. Значит, даже если организация выиграет, в полном объеме судебные расходы с инспекции взыскать, вероятно, не получится.