Финансовое ведомство, приводя позицию суда, лишь указало на возможность заявить вычет в течение трех лет, как это и следует из НК РФ. Однако данным решением отказано в принятии к рассмотрению жалобы на то, что указанный трехлетний срок не увеличивается на срок подачи декларации. С точки зрения суда, возмещение НДС, а значит, и принятие налога к вычету возможно только в течение трех лет без продления этого срока на 25 дней для подачи декларации. Напомним, что до 2015 года срок для подачи декларации составлял 20 дней.
До появления Определения КС РФ финансовое ведомство высказывало мнение о том, что трехлетний срок для вычета НДС необходимо увеличивать на срок подачи декларации. Можно предположить, что, сославшись теперь на это решение КС РФ, Минфин изменил свой подход. Полагаем, что указанный вывод можно использовать и в других случаях, когда НДС принимается к вычету, а не только когда не подтверждено право на применение нулевой ставки.
Также остается спорным вопрос о том, с какого момента отсчитывать трехлетний срок вычета НДС, уплаченного по экспортным операциям в случае, если право на применение нулевой ставки не подтверждено. Минфин, ссылаясь на позицию Президиума ВАС РФ, считает, что три года исчисляются с окончания периода, в котором произошла отгрузка товаров, работ, услуг на экспорт. При этом, например, ФАС Московского округа отмечает, что трехлетний срок отсчитывается с периода, в котором представлен полный пакет документов. В упомянутом Определении КС РФ этот вопрос не поднимался.