Если документ будет подписан Президентом РФ, то с июля 2017 года нужно восстанавливать НДС с суммы субсидии, которая включает налог. Это касается любых субсидий на возмещение затрат по оплате товаров, работ или услуг.
Сейчас принятый к вычету НДС необходимо восстанавливать, только когда субсидия получена из федерального бюджета. Правило не применяется при выделении субсидий из иных бюджетов. Так считают Минфин, ВС РФ и ФНС.