Суд указал, что по НК РФ муниципальное образование при реализации полномочий, предусмотренных законодательством, не относится к плательщикам НДС. Органы местного самоуправления от имени муниципального образования самостоятельно владеют и распоряжаются муниципальным имуществом и вправе в том числе отчуждать такие объекты. Значит, при продаже имущества казны орган местного самоуправления не считается плательщиком НДС.
Налоговым агентом он также не может признаваться. В силу прямого указания НК РФ в сделках по реализации имущества казны налоговыми агентами признаются покупатели имущества, за исключением физлиц, которые не являются индивидуальными предпринимателями.
Исходя из этого, суд решил, что муниципалитет должен перечислить НДС в порядке, предусмотренном для лиц, которые не являются плательщиками этого налога, но выставили счет-фактуру с выделением НДС. Однако привлечь орган местного самоуправления к ответственности за неуплату налога и начислить пени инспекция не может, поскольку он ни налогоплательщик, ни налоговый агент.
Отметим, что вопрос о том, кто должен уплачивать НДС при реализации составляющего муниципальную казну имущества, не закрепленного за учреждениями и предприятиями, физлицам, которые не являются ИП, уже сложно назвать спорным. Минфин и суды единодушны: налог в этом случае перечисляет в бюджет продавец — орган местного самоуправления. Этого подхода придерживается и КС РФ.
Таким образом, в рассматриваемой ситуации орган местного самоуправления должен перечислить НДС. А если инспекция доначислит пени и штраф за несвоевременную уплату, то такое решение можно попытаться оспорить в суде.