Судьи ВС РФ указали, что срок для отказа от освобождения не является пресекательным. Негативных последствий его пропуска для налогоплательщика нет.
Организация осуществляла операции, которые освобождаются от НДС. При этом она не применяла освобождение, т.е. уплачивала налог в бюджет с реализации. В уточненных декларациях юрлицо заявило к вычету "входной" НДС. Вместе с уточненками организация представила заявление об отказе от освобождения. Инспекция по итогам камеральной проверки отказала в возмещении налога.
Напомним, что по НК РФ заявление об отказе от освобождения необходимо подать в налоговый орган в срок не позднее 1-го числа налогового периода, с которого налогоплательщик желает отказаться от освобождения.
Отметим, из Постановления Пленума ВАС РФ следует, что, если налогоплательщик обязан заплатить НДС по освобождаемой от этого налога операции (при выставлении счета-фактуры с выделенным НДС), он вправе принять к вычету и "входной" налог. Минфин в 2015 году согласился с данным выводом Пленума ВАС РФ.
Таким образом, если юрлицо пропустило срок для отказа от освобождения, оно все равно может применить вычет НДС. Но в этом случае не исключен спор с налоговыми органами.